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申请粤港澳大湾区个人所得税优惠政策财政补贴的基本程序为：个税查询—账号注册—办理申请—部门受理及审核—补贴发放 。

步骤一：个税查询。申报人先通过国家税务总局“自然人电子税务局”网页端完成人脸识别认证或者前往全市任一办税服务厅完成办税注册认证，如因客观原因无法到办税服务厅自行办理的,可委托扣缴义务人代为办理。成功认证后， 申报人登录国家税务总局的“自然人电子税务局—特色应用—粤港澳大湾区人才税 e 查”，授权查询本人补贴申请年度个人所得税纳税数据。查询后，“自然人电子税务局”系统自动生成查询序列号。申报人应记录并妥善保存查询序列号，并注意避免个人涉税信息泄露。期间如申报人多次查询个人所得税纳税数据，自然人电子税务局会相应产生多个查询序列号，申报人应记录和保存最后一次的查询序列号。

步骤二：账号注册。扣缴义务人或申报人登录“广东政务服务网”，搜索惠州市的粤港澳大湾区个人所得税优惠政策财政补贴 （境外高端人才）或惠州市的粤港澳大湾区个人所得税优惠政策财政补贴（境外紧缺人才）事项，并点击“立即办理”，在广东省统一身份认证平台完成账号注册。如已有账号的，则无需再重复注册账号。

步骤三：办理申请。申报人或扣缴义务人登录账号后，根据“信息自检”栏目的提示，登录国家税务总局的“自然人电子税务局”网页端查询个人所得税数据，取得查询序列号。如已取得查询序列号，则可忽略此提示，继续按照系统操作提示，如实、准确填报《惠州市关于粤港澳大湾区个人所得税优惠政策财政补贴个人申请表》。其中，申报人在申报年度内的个人所得税数据无需手工填报，只需在申请表中填入查询序列号（以最后一次查询序列号为准）。以上填报完成并检查无误后，下载打印表格，连同本指南载明的其他附件证明材料，按顺序逐一上传网办系统，完成网上申请。2023年11月24日24时（北京时间）申报系统将自动关闭，不再接受提交申请。

申报人或扣缴义务人提交申请后，如发现有误，系统未进入受理环节且未关闭时可发起撤回申请。

步骤四：部门受理及审核。市科技局负责境外高端人才的受理、审核，市人社局负责境外紧缺人才的受理、审核。

步骤五：补贴发放。对通过审核的申报人，市科技局、市人社局形成拟财政补贴名单，经批准同意后，将个税财政补贴直接拨付至申报人的个人账户。